Lo mejor es que, con swing, hagas el diagrama.
Defines las cajas, los conectores como líneas, y luego los pones en la posición que quieras.
Cuando ejecutes esas operaciones que comentas simplemente tienes que cambiar los atributos de cada objeto, tanto posición como color (incluso texto y tamaño).
Al principio es un poco jodida la programación con swing, pero más adelante verás que es algo "parecido" a maquetar con css. (si alguna vez has hecho eso).
Básicamente es crear los objetos, asignarles atributos y dibujarlos...... tendrás que tener paciencia y buscar una buena guía básica.
Buena suerte.
