Si, el formato wbfs es así de "puñetero". No hay nada que puedas hacer. Yo también pasé por ello en su día.
Formatea tu disco duro en FAT32 con esta aplicación
http://tokiwa.qee.jp/EN/Fat32Formatter/No solo podrás jugar tus backup perfectamente, sino que mejorarás tu compatibilidad con todo el homebrew existente.
Tu confusión con wbfs es muy normal. Imagina que estamos hablando que tu disco duro esta en formato(1) NTFS y que tienes un documento con extensión(2) txt. Creo que te puedes hacer una idea mental clara. Si te digo que tu disco duro está en formato(1) wbfs y que tu juego tiene extensión(2) .wbfs, ahí empieza el lío.
No hay que confundir formato con extensión.
De forma resumida: Puedes tener el disco duro en FAT32 y lanzar juegos con extensión .wbfs. En este caso, no hay problemas.
Internet es un pozo sin fondo de conocimiento, y también un problema porque hay muchísimos tutoriales desactualizados que lían la cabeza a cualquiera que intente empezar y no sepa por donde, y eso sin contar con la ingente cantidad de páginas con tutoriales medio inventados.
En fin, espero haberte ayudado. Saludos