Es un poco raro. Los adaptadores de mandos de PS2 sí que usan el puerto. La única diferencia eso sí, es que fan a "Full Speed" (12Mbps) en lugar de ir a High Speed (480Mbps). Tal vez sea algún problema que causa que no funcionen únicamente los periféricos High Speed (Pendrives, cámaras, discos duros...).
En cuanto a si cambiarla por una de 80GB, pues tiene sus pros y sus contras:
PROS: 20 GB más de almacenamiento, consola algo más silenciosa y con menor consumo.
CONTRAS: 2 puertos USB menos, sin lector de tarjetas, y sobretodo lo peor para mí personalmente, sin retrocompatibilidad con PS2.
Yo personalmente no cambiaría la mía de 60 GB, porque la retro con las mejoras de imagen para TVs grandes por HDMI me es muy importante. Intentaría meterles presión para que te la cambien por una de 60 GB. No obstante siempre hay gente que prefiere las de 80GB porque la retro no le interesa para nada.