No ganas nada por volver a 3.1, pero es que lo que es peor, pierdes bastante (por ejemplo, muchos juegos pediran actualizar y, o actualizas, o usas algún programa que evite el error 002, aparte de perder velocidad y demás ventajas de las 4.X).
En todo caso, como se ha dicho millones de veces, TODO lo que se hace en la Wii deja rastros imborrables, asi que puedes limpiar por encima pero si alguien alguna vez quiere saber lo que hubo, puede (el SAT por ejemplo).
Si la Wii funciona bien no la toques y punto.
Otra cosa que no entiendo es que quieres cambiar de versión para poder jugar con importados, esto no tiene sentido, pues los problemas que tienes ahora los seguirás teniendo después.