Caso curioso, podría ser que tuvieses la consola con la opción no-RGB, vete al menu de la consola y en "sistema de vídeo" ponle "RGB", es raro, pero podría ser de ahí.
Si no, a ver, podrías mirar en las opciones del Dscaler, en "Hardware Setup" y ponerle que tarjeta tienes. A lo mejor así funciona.
Si no, es cosa de la capturadora, porque no es normal que no te deje poner el juego NTSC en color, ya que el programa es universal regionalmente hablando.
Si no es nada de eso, dílo y buscaremos más profundamente.