Vamos a ver, por partes:
El archivo Dsorganize.nds lo debes de grabar en la raiz de la tarjeta.
La carpeta que viene, tambien la grabas en la raiz, pero con carpeta incluida.
por otro lado, has de tener en cuenta el tipo de fichero del DsOrganize que usas y que depende del modelo de flash card que tengas. Para la Supercard es el Blue.
Aunque no creo que este sea el problema, ya que si no es el adecuado, no te debería funcionar.
Un saludo