Bueno yo no he leido el tutorial pero te explico como lo he hecho.
He metido en el cdgenPS2 los dos archivos del Pgen1.1 y una carpeta con los juegos. Luego creas la imagen. Te la crea en bin-cue. Y ya está la grabas con el programa que quieras.
El cdgenPS2 (lo puedes encontrar me parece junto con el ps2reality mediaplayer) te crea las imagenes ya en modo 2 / XA.
Espero haberte ayudado.