CHKDESF /R es para comprobar al integridad del disco duro, o sea que es como el scandisk...
Yo pasaria un scandisk al disco, con las opciones reparar errores automaticamente y a ver si luego puedes desfragmentar la unidad c:
Puedes coger el ghost antes de formatear y hacer una copia de las carpetas que mencionas antes y luego si quieres formatea...
No se me ocurre mas .........
Saludos