gracias k0br4, me di cuenta al poco de escribir el post de que los puertos no eran azules, he investigado un poco y lo mejor que puedo hacer es instalar el boot en una pequeña tarjeta micro sd y el sistema en un pendrive usb 3.0 normalito, ya que dentro del 2.0 hay diferentes velocidades y con un usb 3.0 me aseguro de tomar la maxima velocidad del puerto 2.0, lo de buscar una sd de calidad para intentar igualar la velocidad del puerto usb sale caro y se queda un pelin por debajo, ademas de la facilidad de corrupcion de datos que tienen las sd, aprovecho para pedir algun tutorial para instalar retropie en el pendrive desde windows.
un saludo