Si, el snezzi lleva un archivo ds.gba que contiene lo que es el emulador en sí, pero los archivos que te crea el inyector son .nds. No tengo la más minima duda de eso porque lo acabo de probar. Recuerda que el archivo que tienes que ejecutar el el .nds.
Si no te gusta lo de andar inyectando ROMs, puedes probar el SNEmulDS, que si que te permite seleccionar en una lista la ROM que vas a ejecutar. Lo malo es que está algo más verde.