Para utilizar el morphing ball simplemente tienes que darle dos veces seguidas a abajo (con la primera pulsación se arrodilla, y con la segunda se convierte en bola). Mientras no le des a arriba, seguirás convertido en bola, e incluso podrás saltar en ese estado y poner bombas con el botón X.
La verdad es que en el Metroid Fusion lo han dejado exactamente igual, lo que pasa es que no se si habrás visto algún Metroid de GBA.