No creo que tenga algún bug, sino no la publicarían como versión estable,
ahora bien si que es verdad que a partir de la versión 4.39 hicieron muchas
betas con bugs que iban corrigiendo, yo me quedé con la 4.36 que me va
perfecta.
No se usa el ftp para pasar los juegos, se usa el programa que te dije, el
HdlDump Helper Gui.
Si tuvieses otro disco duro a mano, podrías hacer todo el proceso como
prueba, formatear con hdloader y usar el programa, para ver si es problema
de como lo tienes todo con ese disco duro.
Saludos.