Aun cambiando pasta en GPU y CPU, si la caja no esta bien ventilada, con las temperaturas que tenemos actualmente, serán elevadas, quieras o no.
Aun no siendo un dato relevante, estaría bien saber la ubicación de la caja, si tiene buena ventilación en el sitio donde esta, y si no es así, que caja, ventiladores y disposición de estos tienes, ayudaría bastante a determinar cual es el problema.
De todos modos, según cuentas, posiblemente la fuente de alimentación es la que te este dando problemas, ya que muchas, cuando llegan a X temperatura, suelen apagarse para evitar males mayores.
Danos mas datos y a ver que se puede hacer.