Ese fallo que dices parece estar bastante relacionado con el modo 7, por lo que puede que esté fallando la PPU. Todo chip sufre al final un desgaste llamado "electromigración" que hace que el chip acabe por estar inutilizado con el paso del tiempo porque se "vacían" de electrones los "depósitos" que forman los transistores internos.
Otro factor que influye mucho es que los conectores se corroen del óxido y lo mismo pasa con los pines de los chips.
Yo tengo una SNES estropeada que da corto entre alimentación y masa, por lo que el fusible se jodió: lo cambié y nada más encenderla pasó lo mismo, así que busqué el origen del posible corto y eso me llevó a que uno de los chips de la PPU debía de estar jodido e internamente conectaba masa y alimentación (aunque esto parece raro pero fue la única explicación que encontré).
Tengo otra que tiene los conectores del cartucho sucios y al limpiarla, seguían fallando algunos juegos; resulta que el baño químico que los protege se han acabado desgastando y aunque se limpien sigue haciendo mal contacto.
Es que nuestra pobre SNES ya tiene casi 25 años desde que empezara su fabricación...