Mañan volveré a probar. Lo que he hecho despues de vuestros consejos, es poner el HD del windows que es SATA2, en sata2, y el lector en sata1 (no me dana el cable). Deshabilitar el sata2 en la bios, y windows arrancaba bien, pero no me reconocia el hitachi.
Despues he desenchufado el sata del lector, pero creo que lo he enchufado demasiado pronto, (no estaba el escritorio aún).
Mañana seguiré porbando, si no va, lo pondre en modo raid.
Me gustaría saber si teneis el windows en un disco IDE, en lugar de en un sata como yo.
Gracias de nuevo y un saludo.
PD: Si todo esto fracas, pasaré por casa de un colega con una placa con chipset nforce, a ver si me rula.