El logo de "nintendo" del inicio de la consola, viene en la cabecera de la ROM del cartucho. Si no hay cartucho, el espacio definido para el logo aparece en negro (valores 0xFF) pr eso se ve un rectangulo negro.
Si el cartucho lo lee mal (fallan lineas del bus), sale el logo corrupto, pixel aleatorios, etc...
Lo que te pasa a ti es puramenta fallo de lectura de la ROM, bien mal contacto de pines o como dices que tenga pistas tocadas.