Yo me estoy peleando en Linux por el mismo problema: el plugin integrado me dice que está desfasado y me obliga a darle al botón de utilizarlo cada vez que cargo una página. El pluguin genérico ni lo traga. De todos modos no me importaría que de aquí a un tiempo se fuese al garete el plugin flash. Hace tiempo que los de Adobe deberían haberlo pasado a 64bit y creo que ni siquiera tienen intención de hacerlo. Y con HTML5 se pueden hacer maravillas.