Depende de lo que busques y como lo busques(estado), barato lo que se dice barato en Tokyo complicado, yo estuve en julio y me volví con cosas, dependiendo de donde vayas, yo en kyoto no miré ya que andaba justo de tiempo, pero en Tokyo pateé más, si no quieres irte lejos, los book-off quitando el de akihabara están(el book-off de allí es más caro) apañados, pero tienen poco material por debajo de psx(aunque lo hay, yo pillé una sfc sin caja por 1500yenes, y varios juegos completos por menos de 1000yenes), en akihabara esta todo bastante carete, si tienes tiempo y ganas, busca hard-off cerca de alguna estación(yo fui a uno de saitama que estaba a unos metros de la estación de toda, sfc pelada sin nada 350yenes, cartuchos sueltos a 108yenes), son algunos sitios, después decir que el super potato de ikebukuro es más barato que el akibahara.
Edit: hay un hard-off en akihabara, pero tiene precio akihabara, para cables bien, para retro fulero completo fulero, gb light Pokémon por 72000 yenes....