apt y synaptic son equivalentes, uno en consola, y otro gráfico. Ambos descargan e instalan de una tacada.
Si lo que tienes es un paquete .deb descargado de por ahí y quieres instalarlo, se hace con dpkg -i nombre_paquete, pero vamos, no es recomendable. Todo lo de los repositorios tienes la seguridad de que tiene todas las dependencias cumplidas y está preparado para instalar, y a funcionar.
El cliente de BitTorrent va con librerías de Gnome, y kTorrent va con KDE. Si tienes instalado Ubuntu normal, tendrás Gnome, asi que mejor BitTorrent, y si tienes Kubuntu te vendrá KDE por defecto, asi que mejor kTorrent.