Ventilador/bomba:
3 pines = regulado por voltaje
4 pines = pwm
En la placa hace ya tiempo que son 4 pines, lo que sirve tambien para conectar ventiladores y bombas de 3 pines.
En el mejor de los casos, la placa podrá regular tanto por voltaje como por pwm, pero no siempre es así, o un término medio: todos por pwm pero por voltaje solo algunas.
Si ésto ultimo es lo que tenemos (conectores que si y conectores que no) habitualmente los cpu_fan y pump_fan suelen ser los que sí controlan por voltaje, sería verlo.