Bueno, la verdad esque parece que todo lo haces bien, al menos tal y como te explicas es lo que hice yo y me funcionó.
A ver:
1. Descargar el Kernel 1.90 openbeta 11
2. Al descargarse, abrir con winrar el Kernel y descomprimir lo que viene dentro, osea, cojes los dos archivos que vienen (un .bin y una carpeta) y los arrastras a la raíz de la tarjeta de memoria.
3. Opcional crear una carpeta, también en la raíz de la tarjeta de memoria otra carpeta que se llame "Juegos", en mi caso yo no creé ninguna carpeta.
4. Meter los juegos, como tu bien dices, los .nds.
Esto debería de ir, y creo que lo haces bien, por tanto quizá haya sido por el formateo de la tarjeta de memoria, pero no creo. Aun así repite todos los pasos a ver si te va
.
Aun así no soy experto en esto, si alguien sabe algo más que postee.