A ver, MGS2 y MGS2 Substance es, en esencia, lo mismo, sólo que el Substance tiene más extras, como las misiones RV, un modo de Skate, las Snake Tales (historias de Snake no canónicas)... con MGS2 Sons of Liberty ya hay suficiente, además es más fácil de encontrar. Pero si lo quieres para PC, sólo está el Substance.
Respecto a tu segunda pregunta, sí, con esos ya la comprenderás bastante, aún así, si después de jugarlos te conviertes en fan de la saga, no deberías perderte MG y MG2, los de MSX (vienen incluidos en MGS3 Subsistence) y MGS: Portable Ops, que salió para PSP y también es canónico. Luego los Acid y demás son historias paralelas no canónicas.
Y lo del resúmen, yo empecé a hacer una especie de mega-reportaje sobre la saga, pero que me llevará bastante tiempo completar, eso sí, cuando esté completo espero que no defraude a nadie. ^^