En el uso del configmagic ya se avisa que hay que tener muy claro lo que se esta haciendo, por que pueden pasar cosas esa.
Yo lo he usado varias veces y sin problema, eso si, sin salirme del manual y con mucho cuidado de lo que se hace y comprobando siempre 2 veces antes de hacer nada.
La solucion es lo que ya te han comentado.