*.MKV no es un formato de video, matroska al igual que *.AVI, *.MP4, *.MPG, *.VOB o *.MOV son contenedores del stream de audio/video/subtitulos.
Quiza el video o el audio o ambos dentro del archivo MKV esten codificados en un formato no soportado por el dispositivo o bien, aunque si esten dentros de los fromatos soportados -y por tanto cuente con el codec correspondiente- soportados esta fuera de los parametros reproducibles, por ejemplo el bitrate, perfil, frecuencia de muestreo, etc.
Con el programa MediaInfo podras saber las caracteristicas de los stream de audio y video de tu archivo MKV y asi revisar en el manual del aparato multimedia si esta dentro de los reproducibles.
http://mediainfo.sourceforge.net/esPor ejemplo.
en archivos *.MP4 es comun que venga video codificado segun MPEG-4 como es DivX o Xvid al cual le llaman MP4 SP o bien puede venir video codificado segun h.264 o VC-1 al cual le llaman MP4 AVC.
*.MKV a diferencia de *.MP4 permite mayor variedad del formato de video y e visto que ultimamnete suelen usar formato de real media el cual no es siempre soportado por muchos dispositivos multimedia. Asi que aunque el aparato sepa como manejar el contenido de un archivo MKV al encontrarse con un stream de video en formato realmedia y al no tener forma de decodificar este stream de video no se reproducira.
En este archivo aunque este en contenedor matroska MKV el stream de video fue creado con realmedia -realvideo 4- a 480p, el audio esta en Ogg Vorbis, asi que aunque el reproductor reconozca el archivo MKV al no contar con un codec para realmedia no mostrara el video pero si se escuchara el audio.
En este otro tenemos un archivo matroska MKV AVC, el stream de video fue creado segun la norma h.264 a 1080py el audio es AAC, asi que el reproductor al contar con codec para cada caso y reconocer el archivo matroska reproduce tanto audio como video.
en ese sentido tendras que recodificar el audio o el video o ambos para que se ajusten al formato soportado o a los parametros reproducibles de bitrate, etc.
Para eso funciona muy bien mediacoder
http://www.mediacoderhq.com/