¿No arranca el windows (o linux)? ¿Se queda con un rallita blanca o te dice algo del boot? ¿Tiene que ser el mismo pendrive siempre y, quizas, en el mismo puerto?
Puede ser que, al instalar, te metiera las particiones de arranque de la UEFI en el usb. Si es asi lo mas facil es reinstalar, pero sin ningún usb puesto.