Yo en mi caso me pasaba lo mismo que a ti, todas las lecturas eran diferentes tanto por lpt como por usb (en mi caso era por culpa de los bad blocks, asi que verifica si tienes o no, en caso de no tener no tendrian porque ser diferentes) , la solución fue hacer una lectura de 2mb y meterle el xell ya que desde ahi te deja descargar la nand via ethernet.
Dicen que esta solución es arriesgada ya que si falla algo y no puedes sacar la cpu key tendras un problema muy gordo pero bueno yo lo hice asi.
Y como siempre revisa bien las soldaduras y que el cable sea corto (aconsejan menos de 20cm)
Saludos