Que me corrijan si me equivoco, pero para poder jugar con 1 solo cartucho 2 DS's la consola cliente (la que se baja el juego de ti) debe de estar flasheada tambien.
Si ese es realmente el problema, tiene una posible solucion facil: que utilice el cartucho la otra consola (la no flasheada), y tu te bajas de ella el juego sin problemas.