Si se suelta la bateria hay un momento en el que se produce un pequeño corte de corriente (el aparato "salta" de "con bateria" a "con luz") y ahi si se podria haber fastidiado el flasheo. De todas formas cuando yo flashee la mia note que la bateria esta bien sujeta aun sin estar la tapa puesta, al igual que ocurre con la de la PSP. A no ser que hicieses un movimiento brusco con la consola para que se soltase, no deberias de haber tenido problemas con ella.
A mi entender una consola que no permite flashearse, simplemente no se deja. Puedes intentar flashearla pero o bien el software da un error , o por el contrario se realiza el proceso de flasheo pero sigue manteniendose el original (memoria protegida contra escritura.
Saludos.