La R4, sólo con decir eso no ayudas mucho, ya que hay tropecientos modelos de R4 xD. Por lo que te han dicho es para cargar juegos de DS no de 3DS. Puede que tú FW no esté soportado por el FW de la tarjeta. En tal caso deberás usar o bien una DS o una 3DS (con un FW soportado por tú tarjeta) para actualizar el flashcard y usarlo en tú 3DS.
Por otra parte y partiendo de la base que tú problema es el que te comento arriba, no tienes ninguna posibilidad de usar el Gateway ya que, para ello, es imperativo que el FW de tú consola sea menor o igual a 4.5. En tú caso, creo que la consola presenta un FW superior.
un saludo!