No sé en que sistema operativo va correr el equipo.
Si lo van a usar varias personas, lo mejor crear distintos usuarios. (Así cada uno va por su lado, y si algo se estropea eso que tienes ganado).
¿Has pensado también en realizar las particiones?
Nunca está demás tener el sistema operativo en una partición y los datos en otra
Si tienes dudas sobre que sistema operativo te recomendaria GNU/Linux.
Si optas por Windows el propio sistema operativo tiene herramientas para realizar copias de seguridad. (Por precaución guardaría por lo menos un backup en algún disco externo).
Otra posible solución podría ser virtualizar el sistema operativo y realizar copias de seguridad de la máquina virtual. (En caso de que se te estropeara el equipo y tienes la copia de la máquina virtual, podrías arrancarlo en otro equipo que soporte las máquinas virtuales).
Aún así, para poder darte una mejor solución, faltaría saber que sistema operativo vas a usar