A mi me paso lo mismo....no sabia que programa utilizar, y queria formatear mi disco duro portatil en dos, una para el wii y otra para la compu.
Probe con el que trae Vista pero no deja realizar particiones de más de 30 o 40 GB en Fat32...por eso utilicé un programa que se llama Fat32Formatter, buscalo en google es gratis y muy fácil de usar. Con este programita haces tus dos particiones en Fat32 del tamaño que querrás y luego con el WBFS Manager (lo encontrás también acá en el foro) formateas a WBFS la partición que querrás y listo.