Para pasar cualquier archivo al HDD lo puedes hacer con el uLaunchELF, que queda instalado por defecto si instalas el free mc boot.
Lo que tienes que hacer es simple, metes las roms a un pendrive, lo colocas en el play, abres el uLaunchELF y te vas al pendrive ( la unidad llamada mass://) y copias la carpeta con las roms, (con el R1 te da la opción para copiar entre otras), luego te vas al HDD (hdd://) y personalmente pego la carpeta con las roms y la particion __boot
(si hay alguien que haya creado una partición para roms y que la detecte el snes station que me lo haga saber, a mi no me ha resutado, con los otros emuladores si pero con el de super nintendo no).
Finalmente ejecutas el emulador y buscas la unidad hdd y luego __boot.