Depende del programa q uses para cargar el homebrew e isos,ya q creo q algunos d ellos tokan la flash(sobre todo ten cuidado cn el programa q ai para modificar ls fondos y eso q no recuerdo su nombre...).Pero en general no corre ningun riesgo.Yo siempre e usado daxziso y devhook para cargar las isos,q esos no tokan la flash,solo emulan el firm.Un saludo y q alguien mas t ayude para ratificar lo q e dixo.Espero haberte servido d ayuda.