Cuando restableces de fábrica lo único que vas a conseguir es borrar las partidas guardadas y lo canales instalados. No se modifican los cIOS así que los que haya instalados se van a quedar tal cual. Tanto si están bien como si estan mal instalados.
Para dejar la consola "como de fábrica" necesitas la nand original de la consola (que seguro que no te la ha dado su anterior dueño) así que no tienes forma de conseguirlo. Si usas la de otra consola si que puedes tener problemas gordos.
Mi idea es simplemente que sobreescribas los cIOS que hubiera instalado su dueño con los que tú prefieras.
Si necesitas ayuda puedes mandarnos un syscheck de tu consola y te ayudo ^^
En lo referente a los canales, en España dejaron de funcionar hace bastante tiempo así que no puedo ayudarte. Bueno sí, se me ocurre que instales directamente los wad de esos canales.