Si son discos SATA no hay ni principales ni secundarios, eso era en la época de los discos IDE, que no creo que tengas una placa y discos tan antiguos hoy en día.
Si tu placa no reconoce bien esos discos, o están jodidos por algo, o está jodida la controladora de la placa base, o quizás necesites hacer un Clear CMOS, que también te lo dijeron y no has dicho si lo has hecho o no, lo mejor es seguir las instrucciones del manual de tu placa base, a veces quitando la pila sólamente no se hace bien.
Si con todo te sigue fallando, yo pensaría en lo que te he dicho, que la controladora SATA de la placa está mal, o bien esos discos.
Saludos.