Ese error suele ocurrir cuando no se configura bien el XF86Config, estas seguro q pusistes driver "nvidia" ?
te paso mi parte de section device
Section "Device"
Option "sw_cursor"
Identifier "Card0"
Driver "nvidia" #esto
VendorName "All"
BoardName "All"
Option "NvAGP" "3"
Option "DigitalVibrance" "0"
Option "TwinView" "1"
Option "SecondMonitorHorizSync" "30-50"
Option "SecondMonitorVertRefresh" "60-60"
Option "TwinViewOrientation" "Clone"
Option "TVStandard" "NTSC-M"
Option "MetaModes" "1024x768
@800x600,1024x768
@800x600"
EndSection
luego nos cuentas si era por ese descuido
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edit: vuelvo a leer tu mensaje y dices q hicistes emerge nvidia-glx , pero no dices q hicistes emerge nvidia-kernel (ni tampoco q editastes el XF86... por eso fue q te puse mi section device
)