Depende de como tuvieras configurados los discos puede que la información de arranque estuviera en alguno de los que no detecta... lo mejor sería que uses un medio de arranque externo de Windows (en un USB) e intentes ver si reconoce la instalación de Windows y si se puede reparar.
Si no preparaste y no tienes un medio de arranque externo necesitarás otro ordenador para descargarlo y pasarlo al USB.
Comprueba que los discos están correctamente conectados y que tienen corriente. Prueba distintas posiciones en la placa...