Segun la web de retropie, la carpeta PC es para algunos juegos de MS-DOS, utiliza el emulador Dos-Box.
Y la de ports pues supongo que para meter algunos juegos adaptados para el sistema como:
Adventure Game Studio
Cannonball
CaveStory
Commander Keen
Descent
Dinothawr
Doom
Duke Nukem 3D
Quake
ResidualVM
SDLPoP
Solarus
Stratagus
Super Mario War
SuperTux
The Ur Quan Masters
Wolfenstein 3D
No sabría decirte exactamente porque no uso retropie, pero en su web básicamente pone eso.