Si tarda al arrancar la ps2 huele a una avería, de todos modos prueba a sacar el HDD y volver a formatearlo.
También puedes probar a meter un juego original con el hdd conectado a ver tarda también en arrancar.
Eso y rezar, si se ha roto algo, que sea el HDD... (Podría ser el adaptador de red, y mira los pines del HDD)
Un saludo y suerte.