No, no afectaría. Solament ten en cuenta que son "incrementales", a partir del archivo original (no es una copia y luego copias incrementales, sino solamente las modificaciones sobre los archivos originales), con dejar los últimos no te valdrá. De todos modos, como te dije desde el volumen haciendo clic derecho y propiedades del volumen podrás ver cuántas hay, el tamaño, la agenda, etc... y borrarlas de forma selectiva, además, de poder modificar dichos parámetros para copiar menos, más veces, no copiar, eliminar, etc... Está todo en la pestaña "Versiones anteriores" de la ficha propiedades de un volumen.