No sé si acabo de entenderlo bien. Cuando dices que al reiniciar no te sale el icono de la batería, ¿te sale luego al cabo de un tiempo o directamente no vuelve a salir?
...Porque lo otro que comentas es perfectamente normal en Windows 8 / Windows 8.1 Una de las mayores virtudes de Windows 8 es el llamado inicio rápido mediante hibernación híbrida, que es lo que ocurre cuando apagas el equipo de manera normal. Al encenderlo la próxima vez, el sistema carga muy rápido.
Sin embargo, si le das a reiniciar, ya no se lleva a cabo este inicio rápido, con lo que es perfectamente normal que te tarde de 2 a 3 veces más de tiempo en cargar el sistema. Y en ese caso, dado que está cargando más procesos de arranque, tampoco es de extrañar que una vez que te sale el escritorio todavía tarde un tiempo mientras se van cargando los procesos (quizás también la parte del icono de la batería). El reinicio, o método similar, es sin embargo necesario si quieres que el equipo arranque desde otro dispositivo (como un dvd o un usb), ya que con el inicio rápido habitual no lo hace.
En resumen, que es perfectamente normal y es el comportamiento habitual que cuando apagas/enciendes (que es lo que hacemos normalmente después de todo), Windows 8/8.1 se inicie rápidamente y que sin embargo cuando reinicias se inicie con mucha más lentitud.