Si tienes acceso a Linux, lo puedes hecer con pdftk
pdftk fileIn.pdf background marca_agua.pdf output fileOut.pdf
O/y
pdftk fileIn.pdf stamp sello.pdf output fileOut.pdf
El primer comando para las páginas con texto y la segunda para las imagenes
Si tu problema es la protección, si puedes imprimirlo (en pdf, p.e.) ya lo tienes resuelto.