Prueba a que tu protagonista tenga alguna enfermedad pintoresca, como la chica de Millenium, que tenía Asperger creo recordar. Puedes dotar a tu prota de una cualidad sobrenatural de la que no esté particularmente agradecido (como la mayoría de mediums, psíquicos y demás fauna de lo paranormal). Por ejemplo, recuerda a John Constantine y lo jodido que estaba viendo el percal judeocristiano en primera persona, o lo mal que lo pasaba el niño de "El sexto sentido". Películas como "John muere al final" simplificaban aún más la singularidad de su protagonista: el tipo probaba una droga que le abría las puertas de su percepción a la verdadera naturaleza del universo.
Si te sirve de algo, ningún protagonista de relatos cortos o novelas será poco interesante si tú no te rindes como narrador o demiurgo, como diosecillo menor al teclado,
. Hasta una cajera de Lidl puede ser fascinante si sabes cómo construir su personalidad y atrapar al lector en una urdimbre de detalles adictivos en torno a ella.
Suerte.
Edito: Ay, pensé que te referías a ideas para escribir tú, no a novelas para leer con protagonistas raros. Voy a por mi libro electrónico y te digo unas cuantas novelas,
.
-Seis tumbas en Munich, de Mario Puzo. Al prota lo ejecutan los nazis de un tiro en la cabeza, pero sobrevive gracias a una placa de acero que hace las veces del cráneo que le falta. A consecuencia de esta placa de acero, no puede excitarse demasiado, ni tampoco abusar del alcohol y el tabaco. Eso no le impide planear una venganza.
-American Psycho, de Bret Easton Ellis. El prota es un yuppie perturbado que se dedica a matar y torturar mujeres en la América de Reagan.
-La estación de la calle Perdido, de China Mieville. El prota vive en un mundo steampunk multicultural y multiracial. Su novia es una mujer con cabeza de escarabajo, una kephri. Para que te hagas una idea hay otras razas viviendo en coexistencia, como hombres con forma de batracios, tíos con alas y pico (garudas), máquinas pensantes, etc.
-Demonio de libro, de Clive Barker. Es una novela mediocre, pero contenía una gran idea: el prota es un demonio encerrado por arte de magia en las páginas del libro que estás leyendo.
-Shutter Island, de Dennis Lehane. El prota investiga extraños sucesos en un manicomio, comprometiéndose su propia salud mental.
-El traje del muerto, Joe Hill. El prota es atormentado por un difunto siniestro.
-El curioso incidente del perro a medianoche, de Mark Haddon. Un chico autista decide descubrir quién ha matado a un perro en su barrio, y ejercerá de detective hasta dar con el culpable.
Bueno, espero que te llame la atención alguno. Saludos.