Yo tengo el juego en Steam y tambien en GOG, y no son iguales. Recuerdo que solo pude hacer funcionar la musica en uno de los dos, pero no como.... ya hace años.
Lo que si te recomiendo es que uses algun MOD para Quake, que los hay muy buenos, yo uso Epsilon en Steam, que mejora bastantes cosas del juego y ademas tiene la musica. Si no te gusta la musica que incluye, puedes usar la original en ficheros ogg que esta en una carpeta, la sustituyes y listo.