No me parece para nada buena idea andar sacando un disco duro de un RAID, porque a la mínima que varie el contenido de uno de los dos tendrá que volver a sincronizar el RAID y puede pasar de todo, no me la jugaría. Si lo que pretendes es quitar el segundo disco y pones otro este tendrá que volver a sincronizarse con el que se quedó, tardando bastante y si ocurre un fallo en esa parte nos tocará un curro de la leche. Además el que te llevaste es recomendable volver a meterlo sin datos, porque también la podría liar parda en la sincronización y hay que tener claro que se hace.
Recomendación, deja dos discos duros en RAID1 siempre en el servidor y adquiere un tercero por USB (3.0 a poder ser) o eSATA para la copia que te lleves fuera, usando el programa de copia de seguridad de Windows u otro como Cobian Backup. Ya te digo que los RAIDs son delicados y mejor no tocarlos una vez configurados.
En cuanto a hardware o software hay opiniones de todo tipo. Personalmente me gustan mas por software y en Windows Server es muy sencillo. La razón de que me guste es que en el RAID hardware si se avería la controladora SATA (sea tarjeta o integrada en placa) necesitarás otra idéntica o totalmente compatible, porque si no no podrás sacar los datos de los discos a no ser que sepas bastante de esto. Por RAID software podrías recuperarlo en cualquier otro ordenador con Windows Server instalado, por lo que podrías usar hasta un PC cualquiera.
No soy un experto, pero esto te lo cuento por la experiencia que tengo de estos casos.
Edito: Windows Server existe en versiones 2000, 2003, 2008 y 2012, siendo este último el que se comercializa ahora. Si le pones 4Gb o más de RAM tendrás que usar la versión de 64 bits.
