Si no tienes el PM pues entonces puede probar a pelo, esta parte ya no la tengo tan clara, pero metes el win98, le dices que no sustituya el SO actual, y le dices donde quieres que lo instale.
Programas para seleccionar SO tienes varios buenos por inet, busca en softonic por ejemplo.
Y teniendo dos HD pues prueba a ver si te va bien haciendolo directamente, que por probar no vas a perder nada, experimenta que tienes mas probabilidades de que salga bien que mal.
Por cierto,en el segundo disco duro, en el que quieres instalar el win 98 que tienes, pq dependiendo de eso puede que te cree una particion.
Si te da algun problema durante la instalacion cuentalo y te intenaremos ayudar.
Y por ultimo ya mas adelante hazte con un Partition Magic 8, que para cosas asi facilita que no veas.
Adios a tos y espero haberte ayudado, pero si hay alguien por ahi y ve errores que los diga por favor