Hola luixi
Si le das a las opciones que pone rebuild me parece que te formatea el disco duro, así que evidentemente sí que perderás todo lo que tengas.
Dentro de la opción de "Upgrade XBMP, M$ Dash..." tienes subopciones para hacerlo todo de un golpe o por separado, y para elegir si lo pone en e: o f:
Lo que no sé es si borra lo que había en el directorio antes o lo sobreescribe, y si respeta archivos de configuración o no, así que lo que yo haría es una copia de seguridad antes por si acaso.
De todas formas, en las instrucciones que trae viene todo detallado.
tinygtv, sobre lo tuyo, ni idea, supongo que tendrás que editar evox.ini y buscar alguna opción en la que estén asociados los dvds al dvdx y cambiarlo por el nombre con el que tengas el dash de M$ (que será xboxdash.xbe o msxboxdash.xbe normalmente).
Salu2,
Krater