Hay que decirle la ruta en el archivo de configuración. No estoy en casa y no puedo decirte de memoria. Pero si dejas la carpeta por defecto creo que la coge. En España es nands/pal_eu.
Mientras, prueba con wiiflow, que lo eliges desde el menú.
La historia es que creas la emunand, instalas los wads que quieras, le dices la ruta al loader y te los coge como cualquier juego.
Como siempre, yo recomiendo desde modmii, opción u-neek, y luego copiar la carpeta sys (wiiflow creo que lo copia, o con wiixplorer) para tener los wiimotes emparejados, la miis y el wifi.
Para los de triiforce, prueba nintendont.