Hombre, el problema principal está en el ventilador de la CPU... Yo personalmente me inclino por un ventilador regulable, por ejemplo un Volcano 9, que tiene una ruedecita que permite ponerlo manualmente entre 2600 y 5600 rpm, con lo que puedes controlar bastante el ruido. Pero claro, al solucionar el problema del ruido surge otro problema: la temperatura de la CPU.
Ante todo, si quieres minimizar ruido sin problemas, utiliza silicona térmica para la CPU de primera calidad, como la Artic Silver. Puede reducir de 7 a 10º frente a una silicona normal.
Ahora: Si no utilizas el PC para cosas con mucha carga de CPU, como ripear DVD's y pasarlos a DivX, jugar a juegos con muchos requerimientos, etc., entonces no hay problema. Dejas el ventilador al mínimo (yo, con mi CPU Athlon XP 1800+, no me pasa de 45º). Pero si sí que lo usas para eso, entonces tienes que subir al menos un poco ( a 4000rpm) el ventilador, o se te colgará el PC.
Cuestion de gustos...