Umm, los backups parcheado con el software de la supercard Lite, no valen para la supercard SD, porque la supercard Lite es mas rapida, y optimiza el parcheo para la microSD.
En cambio, los juegos parcheados con la version SD si funcionan en la microSD. Yo tenia antes una SC SD y uso los mismos backups ahora en la SC Lite.
Eso si, lo recomendable es parchear cada juego con su version, porque por ejemplo, el castelvania parcheado con la version microSD, no se ralentiza nada la intro, sin embargo con la version SD si se ralentiza.
Pero en resumen, para tu pregunta, los juegos parcheados con la version SD si funcionan en la microSD, aunque alguno hay que no funciona bien.
Espero haber resuelto tus dudas.
SaluDS